Apikotomija je stomatološka intervencija uklanjanja vrha korijena zuba čije je tkivo inficirano dijelom tkiva koje se nalazi na zubu. Kada iz nekog razloga dođe do prodora infekcije u kost, iznad vrha korijena zuba javlja se granulom tj. gnojna kesa na korijenu.
Proces na zubu u nekim slučajevima brzo nakon svog nastanka daje akutne simptome u vidu jakih bolova i oticanja. Medjutim, u nekim slučajevima, proces može da napreduje polako , preraste u cistu i dostigne veće razmjere prije nego što bude primjećen.
Apikotomija predstavlja posljednju soluciju u spašavanju zuba kako ne bi došlo do vađenja. Preko korijena se omogućava ulaženje nervnih i krvnih sudova u zub, a apikotomija je trenutno sigurno rješenje ukoliko pacijent želi da spasi zub u poslednjem trenutku. 
Apikotomija se obavlja uz lokalnu anesteziju potpuno bezbolno. Intervencija apikotomije počinje sječenjem desni, da bi se omogućio pristup viličnoj kosti. Nakon toga stomatolog uklanja dio kosti i pristupa vrhu korijena. Kada omogući pristup vrhu korijena slijedi otklanjanje inficiranog tkiva. Intervencija apikotomije mora biti profesionalno odrađena jer nikako ne bi smio da ostane u korijenu ni najmanji ostatak inficiranog tkiva. U tom slučaju će doći do ponovnog procesa.
Kod apikotomije se uklanja vrh korijena zajedno s upalnim i inficiranim tkivom i punjenjem kanala zapečaćuje se vrh korijena.
Na kraju intervencije dolazi do prestanka djelovanja anestezije, kada je mogu pojaviti veoma jaki bolovi. Stomatolog će vam prepisati lijek koji ćete popiti ukoliko je bol neizdrživ. Moguće je i nastajanje otoka, a u tom slučaju se preporučuju hladne obloge.